Всем, кто не уверен могу исходники для изучения показать
Тот факт, что можно убрать определенные магазины из выдачи никого и не смущает. Смущает использование этой возможности в сервисе с большой аудиторией
И еще раз повторю - поисковик Инферно никого не фильтрует, не фильтровал и не будет фильтровать.
P.S. Кстати не очень похоже на программную ошибку. У меня если магазин из выдачи удалить, теоретически, он через час опять будет в поиске, потому что магазины, сами по себе, удаляются и добавляются.
P.P.S А еще представьте, на что способны Google/Yandex. Например, повести большую часть водителей по определенному маршруту.